Krościenko Wyżne zostało lokowane na prawie magdeburskim około 1350 roku, przez króla Polski Kazimierza Wielkiego i zasiedlone przez kilku osadników niemieckich (zob.Głuchoniemcy), którzy założyli tu parafię pod wezwaniem św. Marcina. W r. 1377 istniał w Krościenku już kościół i parafia. Biskup przemyski Eryk z Winsen Mora tworząc w r. 1386 kapitułę katedralną w Przemyślu, powołał do niej również plebana Jakuba z Crosken (Krościenko).
Była to wieś królewska. Króścienko wymienione jest w dokumentach biskupich z 1383 r. W 1603 r. został poświęcony drewniany kościół, który został spalony przeszło dwadzieścia lat później. W czerwcu 1624 r. Tatarzy zniszczyli Krościenko i wtedy zaginęło też wiele dokumentów. Do 1911 roku nad brzegiem Wisłoka istniał drewniany, średniowieczny kościółek. Obecny, neogotycki kościół został konsekrowany przez bpa. przemyskiego św. Józefa Sebastiana Pelczara w 1912 roku. Polichromię kościoła zaprojektował i wykonał w 1936 r. (przed wyjazdem do Ameryki) Jan Henryk Rosen. Witraże zaprojektował Stefan Matejko.
Właścicielami dóbr w Krościenku były znane rody Bobolów,(np. od 7.02.1613 r. do 1635 r. Jan Bobola syn Jana i Katarzyny - cześnik sandomierski) i Mniszchów, a potem Jakub Bobola (zm. w 1636 r.).
Dzierżawili ją – jako wieś królewską - od 1765 r.- Jabłonowscy. Po pierwszym rozbiorze Polski, w 1772 r., Krościenko Wyżne włączono w granice Austrii. Od 1 maja 1789 r., po sprzedaży Krościenka przez zaborczy rząd Austriaków, miejscowość przeszła na własność księżnej Katarzyny Ossolińskiej z (zm. 1796), żony Rocha Michała Jabłonowskiego (zm. 1780) - kasztelana wiślickiego, a potem jego syna Józefa Jabłonowskiego.
Dwór był miejscem uczty weselnej Aleksandra Fredro z Zofią Skarbkową - córką Józefa Jabłonowskiego urządzone staraniem siostry komediopisarza, a ówczesnej pani tutejszych posiadłości Cecylii Jabłonowskiej z Fredrów.
W dworze u Leona Jabłonowskiego syna Józefa przebywali; Wincenty Pol, Seweryn Goszczyński, Ludwik Jabłonowski - syn Józefa Jabłonowskiego, pamiętnikarz, poeta, powstaniec i siostra żony Aleksandra Fredry, Cecylia Jabłonowska - zwana matką tutejszego ludu, (zmarła we Lwowie, ale prochy jej przewieziono do Krościenka i pochowano w krypcie pod starym kościołem).
Władali miejscowością też Skrzyńscy, (gdy właścicielka Emilia Jabłonowska (córka Leona Jabłonowskiego) wyszła za mąż za szambelana austriackiego; Franciszka Ksawerego Skrzyńskiego z Koszowy i po nich Orpiszewscy.
Podczas rzezi galicyjskiej w 1846 r. chłopi namówieni przez zaborców, napadli i splądrowali dwór powstańca Mikołaja Nowosielskiego.
W dworze wraz z rodziną mieszkał w młodości Maciej Stęczyński, znany później rysownik, litograf i podróżnik.
Dopiero po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, wieś weszła w skład województwa lwowskiego oraz powiatu krośnieńskiego.
W czasie II wojny światowej mieścił się tu Inspektorat AK OP-15. Na Cmentarzu w Krośnie w kwaterze wojennej jest kilka grobów dowódców oddziałów AK poległych pod koniec wojny w Krościenku Wyżnym.
Po zakończeniu II wojny światowej Krościenko należało do województwa rzeszowskiego, powiatu krośnieńskiego, gminy Korczyna, od 1975 r. zaś do województwa krośnieńskiego.
W 1995 r., nastąpił podział gminy Korczyna, w wyniku czego powstała nowa gmina z siedzibą w Krościenku Wyżnym skupiająca dwie miejscowości: Krościenko Wyżne i Pustyny.
Z parafii Krościenko Wyżne w roku 1985 wydzielono nową parafię – Iskrzynię, a w 1998 drugą parafię – Pustyny.